लेकिन इससे पहले ही चार्जशीट को लेकर संसद की स्टैंडिंग कमेटी और गृह मंत्रालय के बीच टकराव उभर आया है. संसद की स्टैंडिंग कमेटी ने सवाल उठाते हुए गृह मंत्रालय से पूछा है कि जानकारी के बाद भी हमला कैसे हुआ. आजतक के पास इसकी एक्सक्लूसिव जानकारी है. कमेटी ने पठानकोट आतंकी हमले को रोकने के लिए की गई सुरक्षा तैयारियों पर सवाल उठाया है. गृह मंत्रालय ने पूछा कि पहले से ही आतंकी अलर्ट होने के बावजूद आतंकवादी कैसे उच्च सुरक्षा वाले एयर बेस में घुसने में कामयाब हुए.

99 पेज की रिपोर्ट के अनुसार हमले की ठोस और विश्वसनीय खुफिया जानकारी होने के बावजूद ढिलाई बरती गई. आतंकवादी और उनके आका रक्षा प्रतिष्ठान पर हमले की योजना बना रहे थे, जिसकी बातचीत भी जारी की गई. हालांकि सुरक्षा में चूक की बात को गृह मंत्रालय ने नकार दिया है.

रिपोर्ट में भारत-पाकिस्तान सीमा पर सुरक्षा को लेकर भी गंभीर सवाल उठाए गए हैं. सवाल पूछा गया है कि आतंकियों द्वारा क्यों लगातार घुसपैठ हो रही है, उसे क्यों नहीं रोका जा रहा है. इतना ही नहीं समिति ने पाकिस्तानी संयुक्त जांच दल द्वारा आतंकी हमले के स्थान का निरीक्षण करने पर भी आश्चर्य व्यक्त किया है.

2 जनवरी 2016 को तड़के सुबह 3:30 बजे पंजाब के पठानकोट में पठानकोट वायु सेना स्टेशन पर भारी मात्रा में असलहा बारूद से लैस आतंकवादियों ने आक्रमण किया था. आतंकियों से मुठभेड़ में 2 जवान शहीद हो गए, जबकि 3 अन्य घायल सिपाहियों ने अस्पताल में दम तोड़ दिया. सभी आतंकवादी भी मारे गए थे. हालांकि किसी संभावित बचे हुए आतंकी के छुपे होने की स्थित में खोज अभियान 5 जनवरी को भी चल रहा था.